五年前，九十九龙介还是一名在夜店工作的牛郎，虽然帅气却是愣头愣脑，直到某天回家途中遭遇突发事故，脑部受伤被送进医院，虽然身体无碍，但他的大脑却发生了让人意想不到的变化。如今，九十九刚被调到科学警察研究所工作就遇到了一起爆炸事故，恰巧在现场的他被误会成嫌疑犯并被审问，最终他帮助刑警侦破了这起一起炸弹事件，但是刑警丹原却始终很讨厌他。这天晚上，市内又发生了连环杀人案件。
刑警津村修介遭人残忍杀害，被砍断双手和左脚，警方核对犯人的指纹，发觉竟然是三年前凶杀案的罪犯竹神贞次郎，但他早被警方抓住并处决。津村正是当时逮捕竹神的人，搜查一课的刑警认为他真的复活了，津村被杀后，这起案件相关的高田英一也被杀害了，现场也有竹神的指纹，但九十九却觉察出最后一个被竹神杀害的后藤的死存在疑点，并对此展开调查。原来三年前后藤为了庆祝未婚妻宫濑的生日赴约的路上被刑警们喊住，刑警三人认为对方很可疑，而后藤因为急忙赶往约会地点，冲突之下后藤后脑撞上了墙上的钉子，死亡。刑警们在审问竹神时，被竹神发觉，竹神听了答案后，竟然说当他是我杀得吧！反正一个两个都是死。急于毁灭罪证的三人按照竹神的作案方
某大学医院内发生了杀人事件，负责调查的丹原和林田查看了院内的监控器，但是犯罪现场却没能留下疑犯的身影。正当他们困惑的时候，九十九来到医院，他对这起透明人事件非常感兴趣。案发时，医生和久井等不少相关人员都在现场，九十九开始从科学视点验证此事，此时，透明人再次出手，袭击了和久井的未婚妻后藤……
